醫療機構因為整個使用者範圍、組織架構與作業流程面都有其獨特性，而且主要是以「醫療相關資訊系統」、「行政管理相關資訊系統」及「基礎建設與醫院相關系統」三大層面所構成，因此通常都是通稱為醫療資訊系統（Healthcare /Hospital Information System，簡稱為 HIS）。另外，其他關於手術與麻醉系統、營養系統、電子病歷、病理與藥品和衛材管理系統也包含在內；行政管理除了相關資訊系統部分，也有財務與健保申報及決策系統，因此如何建構醫療資訊系統相關交換環境，並且建置臨床數據共享平台為目前各醫療院所發展重要課題。
臨床醫療資訊系統建置標準數據核心
臨床醫療資訊系統交換標準核心在於建置「數位健康紀錄」，而數位健康紀錄（digital health record）主要可以分為為電子病歷（Electronic medical record，EMR）、電子健康紀錄（Electronic health record，EHR）及個人健康紀錄（Personal health record，PHR）三大類型，透過這三大類型建構完整臨床醫療資訊系統交換平台，並且發展相關臨床數據共享平台。
EMR/ EHR /PHR 三階段數據建置
EMR 是醫療機構用來記錄病患各種病歷電子化資料，主要是協助臨床醫護團隊進行診斷和治療參考，衛福部分別於 99-101年辦理「加速醫療院所實施電子病歷系統計畫」與102年至104年續辦「電子病歷互通應用補助計畫」，目前可提供醫療影像及報告類、血液檢驗類、出院病摘類及門診病歷類等 4 類進行全國電子病歷交換服務。 EHR 通常是指電子健康記錄，主要是紀錄病患在醫療機構產生相關臨床數據，並且利用資訊交換方式可以到不同醫療機構系統進行交換與共享，並且透過 EHR 共享醫療資訊技術，可以讓病患資料透過個人實際參與各種照護方式，提供臨床醫護團隊與病患進行照護與溝通參考使用。
另外個人健康紀錄（PHR）是一種醫療資訊記錄，主要用來記錄病患個人或是非專業醫療人員所持有。而個人健康紀錄的來源包括病患本身的記錄、醫師的記錄、醫院與檢驗室的記錄、法律文件、委託書以及保險文件等等。在符合資訊安全與隱私情況下，可以利用網路與可攜式電子媒體，提供具有完整性與正確個人健康與醫療相關歷史摘要。
當整個病歷與紀錄格式符合標準化則可以將整個醫療科技應用於整合性醫療照護服務，並且可以應用管理、臨床與醫療照護服務提供給病患完整照護機制。
當整個數位健康紀錄具符合標準化架構，則可以進行整個醫療資訊系統交換平台規劃與應用。臨床醫師可以透過病歷查詢與行動方案（虛擬健保卡、行動簽章、行動支付） 等進行 web 醫令系統，並且連結後面病歷無紙化系統（結合後端相關記錄），最後利用 FHIR 進行資料轉換連結到後面大數據平台。而 HIS 子系統（NIS、LIS、PACS、藥品等）與後台相關資料也可以同步將資料轉到病歷無紙化系統，透過 FHIR 進行資料轉換連結到後面大數據平台。
整個大數據平台則可以依據臨床醫護團隊需求，進行大數據與 BI 應用、醫療指標儀表版與 AI 應用和其他醫療院所與政府機構也可以透過 FHIR 進行資料交換，建置臨床數據共享交換機制。
次世代數位醫療發展平台環境
衛福部今年會進行「次世代數位醫療發展平台」，首先會從部立醫院進行場域實驗，未來會逐漸實施到全國醫療院所，而整個次世代數位醫療發展計劃會從現有系統找出符合標準領先者，因此如何進行各醫療體系資訊系統標準化交換環境建置是未來發展課題，因此醫療院所如何與誰合作、如何建置也是未來發展重點，期待台灣醫療資訊系統能進行跨世代整合，讓台灣醫療資訊走向下一個世代。